이온 전도 현미경 검사는 나도미터 크기의 구멍이 있는 피펫을 이용합니다. 수용액 속에서 피펫의 내 외부 간의 이온의 흐름은 나노피펫의 끝과 표면 사이의 거리에 따라 변화하게 됩니다. 표면형상은 이온의 흐름을 일정하게 유지시키는 피드백 조절기를 이용하여 얻게 됩니다.